Oposición a la asignatura.

Desde que se conociese la intención gubernamental de implantar EpC se levantó una viva polémica motivada por la fuerte oposición a esta asignatura entre sectores conservadores españoles, que afirman que el Estado asume la educación moral de los individuos, sustrayendo a los padres el derecho a decidir dicha educación para sus hijos.
Por su parte, el gobierno sostiene que la asignatura servirá para educar

"en valores democráticos y de tolerancia".

El Partido Popular se ha mostrado contrario a la asignatura. En palabras de Alicia Delibes, viceconsejera de Educación de la Comunidad de Madrid:

Se trata de una educación con un contenido moral y político, de un sesgo muy determinado.
La izquierda pretende conducir la voluntad de los niños y moldear sus conciencias.
La Iglesia Católica se ha opuesto a ella, tachándola de totalitarista. Los puntos más criticados son los que se refieren a la educación sexual, la enseñanza de familias multiparentales u homosexuales mediante una visión alternativa a los valores tradicionales, y el supuesto fin laicista y de adoctrinamiento estatal. El arzobispo de Toledo, Antonio Cañizares, señaló que los centros que impartan esta asignatura "colaborarán con el mal".Algunos sectores de la izquierda anarquista efectúan una crítica a ella, al indicar que se induce al sistema de democracia parlamentaria en detrimento de otras formas de organización social, y la ideología ciudadanista en oposición a la tradicional ideología socialista de la lucha de clases. Otros sectores de la izquierda -de los cuales el filósofo Carlos Fernández Liria es el más visible- critican la asignatura y a sus promotores por ofrecer una "farsa" biempensante llamada "ciudadanía" al tiempo que colaboran en su destrucción alentando lo que denominan la "voracidad capitalista".